McDonald naît le vendredi 7 mai 1920 à Duluth (Minnessotta). Il obtient un B. A. en Chimie de l'Université d'Omaha (Nebraska) en 1942. Membre de l'AMS à partir de 1944, il intègre le renseignement et l'aérologie navals jusqu'en l'année suivante, où il entre au MIT, où il obtient un M. A. en Météorologie.
A partir de l'année suivante il intègre l'Université d'Etat de l'Iowa. Il y enseigne la Physique jusqu'en 1949, puis à partir de l'année suivante est professeur assistant en physique jusqu'en 1953 (il obtient un doctorat en la matière en 1951).
McDonald et sa femme font une observation alors qu'ils roulent dans le désert de l'Arizona, mais McDonald ne va pas s'en préoccuper plus que cela.
A partir de 1953 il entame des travaux de recherche sur la physique des nuages à l'Université de Chicago, jusqu'en l'année suivante ou il obtient un poste de professeur assistant en Physique à l'Université d'Arizona. Il y enseigne jusqu'en 1957, devenu professeur à part entière un an plus tôt.
En l'année suivante il intègre l'Institut des Etudes Atmosphériques de l'Arizona, en tant que doyen.
A partir de 1961 il participe au Comité sur les Resources de l'Eau, jusqu'en 1965 où il intègre un autre Comité, celui sur les Changements Météorologiques du NAS.
En l'année suivante, il intègre également le Comité Conseil sur les Tempêtes de la Marine.
McDonald ne commence à s'intéresser vraiment aux ovnis qu'à partir du printemps 1966. Cette année-là il se rend à la base de l'USAF de Dayton pour collecter parmi les rapports d'observations d'ovnis des informations ayant un intérêt météorologique. Il en sort bouleversé et fou de rage.
Spécialiste des ovnis authentiques et non expliqués, il devient aveugle suite à une tentative de suicide.
McDonald déclare que :
Si chaque journal quotidien, dans chaque grand ville, donnait un compte-rendu adéquat de tous les rapports américains sur les ovnis, envoyés durant les dernières 24 h, les citoyens, au bout d'une semaine, seraient en révolte, demandant au Congrès d'enquêter sur ce qui se passe !
D'autre part, dans une brochure éditée par le GEPA, McDonald démontre la réalité du problème, preuves à l'appui, et s'étonne que les journaux se taisent.
Il enquête durant toute l'année sur le terrain, entend les témoins. Le lundi 10, il intervient pour une étude objective et publique des ovnis. Le mercredi 19, devant la Société Météorologique Américaine, déclare :
Les recherches passées du programme Blue Book sont entièrement superficielles, à un niveau de compétence scientifique très bas, suivant la politique de la CIA d'étouffement systématique des soucoupes volantes. Il y a 5 à 10 fois plus de cas inexpliqués qu'on en indique.
En l'année d'avant, il intègre le Comité des Changements Météorologiques de la NSF (sur l'Histoire des Sciences Atmosphériques jusqu'en 1970). Cette année-là il déclare :
Je n'ai absolument aucune idée d'où viennent les ovnis ni de comment ils sont manoeuvrés, mais après 10 années de recherches, je sais qu'ils viennent d'au-delà notre atmosphère.
Le samedi 22, il déclare devant l'Association Américaine des Directeurs de Journaux que la
Commission Robertson a été réunie par les services de renseignement de
l'Air et la CIA dans le but avoué de tarir la source publique des informations de
manière à réduire le bruit de fond susceptible de couvrir les informations nécessaires aux services de renseignement
: Il semble particulièrement important pour les gens de la Sécurité de réduire le bruit pouvant couvrir les
véritables signaux provenant de véritables canaux de renseignement.
Le lundi 12 décembre, McDonald retrouve discrètement à Denver Josef Allen Hynek, David R. Saunders, Mary Louise Armstrong et Norman E. Levine, qui lui montrent le mémo de Robert J. Low. Convaincus de l'issue "négative" du rapport Condon et de la probable recommandation de mettre un terme à toutes enquêtes officielles sur les ovnis, ils s'accordent sur l'idée d'un "rapport alternatif" évoquant l'HET et la nécessité du financement d'autres recherches, qui poserait en outre les bases d'une nouvelle organisation de professionnels étudiant les ovnis cCraig, Roy F.: Ufos: An Insider's View of the Official Quest for Evidence, Denton: University of North Texas Press 1995, p. 190.
McDonald ne manque pas d'exprimer son choc le vendredi 19 janvier 1968, lorsque Low l'appelle ; une conversation qui tourne court, et que McDonald prolonge par une lettre qu'il lui adresse, citant le scandale du memo de son correspondant. Low ne lit la lettre que le dimanche 6 février, mais entre alors dans une colère sans précédent. McDonald a commis l'erreur de donner les noms de ses indicateurs : Saunders et Levine. Le lendemain, mercredi 7, les 2 enquêteurs sont convoqué dans le bureau de Edward Ulher Condon et Low. Ils sont renvoyés.
En décembre 1969 il participe au symposium de l'AAAS sur les ovnis dMcDonald, J. E.: "Science in default: 22 Years of inadequate UFO investigations", AAAS, 134th Meeting, 1969-12-27.
McDonald contredira les thèses (plasmas, etc.) de rationalistes comme Donald Howard Menzel et Philip Julian Klass.
Le dimanche 13 juin 1971 à 11 h, 2 promeneurs découvrent le corps de McDonald près du pont enjambant
le cañon
Del Oro, près de Tucson, dans le désert de l'Arizona. Un révolver de calibre 39 se trouve près de lui, ainsi
qu'une note. McDonald, à cette époque quasi-aveugle, se serait donc rendu en voiture dans le désert pour mettre fin
à ses jours. Le UFO Investigator du NICAP indiquera que cette
mort avait suivi une période de 3 mois pendant laquelle le professeur avait souffert d'une grave dépression
nerveuse.
McDonald était membre de l'AAAS, American Meteorological Society (AMS), Sigma Xi, American Geophysical Society, American Society of University Professors. Il était marié, père 6 enfants.
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