Le Mystère des Soucoupes Volantes - Résolu. Il avait en sa possession la preuve documentée irréfutable d'une haute source officielle résolvant la saga des soucoupes. Il promit qu'elle serait
présentée en totalité dans le n° de novembrede sa publication Saucer News. Dans le n° suivant cependant il s'excuse et révèle seulement n'avoir pas eu la permission de publier l'information et qu'il ne va pas discuter plus avant de la raison à cela. Finalement cela parut. Dans le n° de juin 1956 à le mois suivant la solution est finalement révélée. Les soucoupes étaient construites par "l'Organisation" - un groupe super-secret entièrement distinct du gouvernement U.S.. Leur mission :
absorber la radioactivité en excès dans notre atmosphère.
Comme tout sujet ayant potentiellement des implications importantes, celui des ovnis n'échappe pas à la question des conspirations.
De fait, nombre de personnes prétendent avoir été témoins de conspiration.
Au fil du temps ont bel et bien été révélées quelques manipulations gouvernementales visant, soit à expliquer le maximum d'observations de manière banale (projet Grudge), soit à limiter tout simplement le nombre de signalements d'ovnis officiellement rapporté (voir les préconisations du panel Roberston).
Cependant les motivations de ces actions bien réelles n'ont pas été prouvées comme relevant de la dissimulation d'une explication extraordinaire (extraterrestre typiquement) des ovnis. Sont plutôt invoquées la peur des autorité d'une perte de contrôle (engorgement des canaux de communications par des signalements d'ovnis, manipulation des foules par des ennemis, etc.)
Enfin il faut distinguer l'existence de telles actions secrètes avérée de la prétention d'autres actions non prouvées, voire de leur projection systématique dans la vie courante, qui relève du conspirationnisme.
Parmi les arguments sont évoqués contre l'idée d'une telle autre conspiration secrète (encore non prouvée) liée aux ovnis arrive généralement en tête celui de la durée : l'ère modernes des observations d'ovnis date de la fin des années 1940s, et un secret aurait donc dut être maintenu sur de nombreuses décennies. Or nombre d'autres secrets (prototypes aéronautiques par exemple) n'ont pas tenus aussi longtemps. Cet argument reste cependant probabiliste et ne permet pas d'invalider l'hypothèse d'un secret plus long et plus rigoureux (de par sa plus grande importance par exemple). Jacques Vallée, sans défendre cette thèse, conteste aussi cet argument eVallée, J.: "Le complot martien" in Messengers of deception: UFO contacts and cults, Ronin Publishing, juin 1979. Traduit OVNI : la grande manipulation.
D'un autre côté d'autres témoignent de l'inverse comme Nicholas Pope. Interrogé sur l'éventualité d'une dissimulation officielle, il répond :
Je n'ai rien trouvé qui soutienne l'idée d'une dissimulation en Grande-Bretagne. Je pense, sans essayer d'avoir l'air trop arrogant, que j'aurais eu quelques indices en 3 ans s'il y avait eu quelqu'un qui faisait mon travail mais de manière dissimulée, ne serait-ce que parce que ce dont ils auraient eu besoin avant tout aurait été d'accéder aux données brutes des témoins, et que pas 1 seule fois en 3 ans un quelconque témoin ne s'est jamais plain que j'ai envoyé quelqu'un autour de la maison.
Vallée également, conteste cette idée, arguant que les conspirations, quand elles existent, sont typiquement multiples, simultanées — voire opposées — plutôt qu'unifiées avec une direction bien définie à long terme. Il indique aussi qu'elles ont tendance à disparaître ou se remodeler en fonction des événements les remettant en cause.