Knowles est diplômé de l'Académie Navale. Vétéran des 1ère et 2nde guerre mondiale, il va avoir la charge de commandements sous-marins importants. Il devient vice-amiral de la Marine, et vit à Elliot (Maine).

En 1954, Knowles est contacté chez lui par Francis Swan, une femme déclarant avoir été contactée de nombreuses fois par jour par des extraterrestres orbitant autour de la Terre. Knowles assiste à la manière doit elle établit ces contacts et, impressionné, il décide d'en parler au directeur du renseignement de la Marine, au président Dwight David Eisenhower, au FBI, ainsi qu'à son ami Wilbert Brooker Smith. Ces 2 derniers se montrent rapidement pour vérifier la déclaration. Smith, fasciné, va rester en contact régulier avec Melle Swan jusqu'à sa mort en 1962. Le FBI, lui, rapporte ce qu'il a vu et le transmet à l'Air Force. La Maison Blanche, elle, transmet l'information au Secret Service.

En , Smith écrit : J'ai fait voir à l'amiral Knowles le petit fragment de soucoupe volante que l'Armée de l'Air américaine m'avait obligeamment prêté en .

A cette époque (au moins de 1964 à 1968), Knowles est membre du comité des gouverneurs du NICAP, encourageant des témoins à signaler leurs observations à l'association.