C'est en novembre 1988 que le Service d'Expertise des Phénomènes de Rentrée Atmosphérique prend le relais du GEPAN, situé à Toulouse, et toujours sous l'égide du CNES. Jean-Jacques Velasco, qui dirige le GEPAN depuis 1983, conserve la direction du SEPRA. C'est cependant une époque totalement différente de celle du GEPAN que va connaître l'organisme, victime de sévères coupes budgétaires : les activités du nouveau groupe ne sont clairement pas jugées prioritaires par le CNES, et les activités sont très réduites. Comme le signale une plaquette de présentation : l'objectif du SEPRA aujourd'hui n'est plus d'engager lui-même des études scientifiques ...mais de prendre en compte... officiellement le suivi des objets satellisés rentrant dans l'atmosphère. Les Notes Techniques sont arrêtées et il n'est plus dans l'attribution du groupe d'informer le public.
Un protocole, signé entre la DGAC et le CNES, permet au SEPRA d'avoir accès aux comptes-rendus d'observation d'ovnis rédigés par les équipages des compagnies aériennes nationales ou étrangères. A cet effet, une fiche de compte rendu d'observation, établie conjointement par la DGAC et le SEPRA, est tenue à la disposition des équipages auprès des centres de contrôle aérien de l'Aviation civile et des compagnies aériennes. Par ailleurs, les conversations radio entre l'équipage et le contrôle aérien sont systématiquement enregistrées et jointes au rapport circonstancié d'observation.
En décembre 1990 le SEPRA publie son 1er cas d'étude relatif à l'analyse d'une centaine de rapports, dus à l'observation d'un phénomène lumineux bien visible sur toute la France dans la soirée du 5 novembre, et officiellement causé par la rentrée atmosphérique d'un étage de fusée russe.
Malgré cette bourde en la matière, ce ne sera pas avant 2000 que le CNES retire au SEPRA le domaine des rentrées atmosphériques, dont l'accronyme signifie désormais officiellement Service d'Expertise des Phénomènes Rares Aérospatiaux. Il ne faut plus s'occuper que des PANs.
En l'année suivante, face à des pressions internes au CNES pour supprimer le SEPRA, son directeur
général, Gérard Brachet, commande un audit à François Louange.
La situation du SEPRA était difficile, et ses relations avec le département de la communication du CNES
étaient mauvaises. Il y avait des pressions au sein de l'agence pour le supprimer
, se souvient ce dernier.
Louange interroge 33 personnalités, scientifiques (parmi lesquelles Gérard Mégie, le président du CNRS, ou René Pellat, haut-commissaire à l'énergie atomique),
militaires de haut rang, députés et journalistes. Pratiquement toutes ces personnalités estiment qu'il faut
poursuivre l'activité du SEPRA, ne serait-ce que parce qu'il existe une demande du public à ce sujet. Il vaut mieux
assurer une activité modeste sur le thème des ovnis, dit par exemple Pellat, plutôt que
de laisser se développer toutes sortes de rumeurs. Et il existe un intérêt scientifique réel, souligne entre autres
Gérard Mégie, parce que de nombreux phénomènes atmosphériques restent mal compris. Dans son rapport remis à Gérard
Brachet, directeur général du CNES, début l'année suivante, Louange recommande donc une
augmentation des moyens du SEPRA (un budget modeste de 140 000 €/an avec 3 permanents) pour poursuivre ses
enquêtes et pour communiquer. Cependant il tombe aux oubliettes : Brachet quitte le CNES en
Septembre, et le nouveau président, Alain Bensoussan, ne cache pas son hostilité envers la poursuite des activités
du SEPRA. Toutefois, le rapport Louange est transmis au CNRS, à l'Académie des sciences,
la gendarmerie ou encore à l'aviation civile. Les dirigeants de ces organismes
seraient pour la plupart favorables à participer à un comité scientifique du futur SEPRA aLe
Figaro, 20 novembre 2002.
Début 2004, le CNES subit une nouvelle réorganisation. Le vendredi 2,
Ciel & Espace annonce : "Le CNES enterre les ovnis". Il n'existe plus de service intitulé "SEPRA
,
mais Velasco reste chargé de mission auprès du directeur adjoint de la DCT et a pour mission la veille sur les
phénomènes aérospatiaux rares
, déclare Arnaud Benedetti, directeur de la Communication Externe, de l'Education
et des Affaires Publiques du CNES bGutierez, Grégory & Benedetti, Arnaud (directeur de la communication du CNES), "C'est officiel : le SEPRA n'existe plus !", Ovniland, jeudi 27 mai 2004.
En septembre 2005 est nommé le successeur du SEPRA sous la forme du GEIPAN.
cCanuti, Thibaut: "Menace(s) sur le SEPRA ?" dBourdais, Gildas: "From GEPAN to SEPRA - Official UFO studies in France", IUR 4-25, traduit "Du GEPAN au SEPRA - Les études officielles sur les OVNIS en France", UFOCom eNodé-Langlois, Fabrice, "Ovnis : l'État doit y consacrer plus de moyens", Le Figaro, 20 novembre 2002 fHaït, Jean-François. "Le CNES enterre les ovnis", Ciel & Espace, juin 2004