C'est en que le Service d'Expertise des Phénomènes de Rentrée Atmosphérique prend le relais du GEPAN, situé à Toulouse, et toujours sous l'égide du CNES. Jean-Jacques Velasco, qui dirige le GEPAN depuis , conserve la direction du SEPRA. C'est cependant une époque totalement différente de celle du GEPAN que va connaître l'organisme, victime de sévères coupes budgétaires : les activités du nouveau groupe ne sont clairement pas jugées prioritaires par le CNES, et les activités sont très réduites. Comme le signale une plaquette de présentation : l'objectif du SEPRA aujourd'hui n'est plus d'engager lui-même des études scientifiques ...mais de prendre en compte... officiellement le suivi des objets satellisés rentrant dans l'atmosphère. Les Notes Techniques sont arrêtées et il n'est plus dans l'attribution du groupe d'informer le public.

Un protocole, signé entre la DGAC et le CNES, permet au SEPRA d'avoir accès aux comptes-rendus d'observation d'ovnis rédigés par les équipages des compagnies aériennes nationales ou étrangères. A cet effet, une fiche de compte-rendu d'observation, établie conjointement par la DGAC et le SEPRA, est tenue à la disposition des équipages auprès des centres de contrôle aérien de l'Aviation civile et des compagnies aériennes. Par ailleurs, les conversations radio entre l'équipage et le contrôle aérien sont systématiquement enregistrées et jointes au rapport circonstancié d'observation.

En le SEPRA publie son 1er cas d'étude relatif à l'analyse d'une centaine de rapports, dus à l'observation d'un phénomène lumineux bien visible sur toute la France dans la soirée du 5 novembre, et officiellement causé par la rentrée atmosphérique d'un étage de fusée russe.

Sortie des rentrées

Malgré cette bourde en la matière, ce ne sera pas avant que le CNES retire au SEPRA le domaine des rentrées atmosphériques, dont l'accronyme signifie désormais officiellement Service d'Expertise des Phénomènes Rares Aérospatiaux. Il ne faut plus s'occuper que des PANs.

Audit

En , face à des pressions internes au CNES pour supprimer le SEPRA, son directeur général, Gérard Brachet, commande un audit à François Louange. La situation du SEPRA était difficile, et ses relations avec le département de la communication du CNES étaient mauvaises. Il y avait des pressions au sein de l'agence pour le supprimer, se souvient ce dernier. Louange interroge 33 personnalités, scientifiques (parmi lesquelles Gérard Mégie, le président du CNRS, ou René Pellat, haut-commissaire à l'énergie atomique), militaires de haut rang, députés et journalistes. Pratiquement toutes ces personnalités estiment qu'il faut poursuivre l'activité du SEPRA, ne serait-ce que parce qu'il existe une demande du public à ce sujet. Il vaut mieux assurer une activité modeste sur le thème des ovnis, dit par exemple Pellat, plutôt que de laisser se développer toutes sortes de rumeurs. Et il existe un intérêt scientifique réel, souligne entre autres Gérard Mégie, parce que de nombreux phénomènes atmosphériques restent mal compris. Dans son rapport remis à Gérard Brachet, directeur général du CNES, début , Louange recommande donc une augmentation des moyens du SEPRA (un budget modeste de 140 000 €/an avec 3 permanents) pour poursuivre ses enquêtes et pour communiquer. Cependant il tombe aux oubliettes : Brachet quitte le CNES en Septembre, et le nouveau président, Alain Bensoussan, ne cache pas son hostilité envers la poursuite des activités du SEPRA. Toutefois, le rapport Louange est transmis au CNRS, à l'Académie des sciences, la gendarmerie ou encore à l'aviation civile. Les dirigeants de ces organismes seraient pour la plupart favorables à participer à un comité scientifique du futur SEPRA Le Figaro, 20 novembre 2002.

Fermeture

Début , le CNES subit une nouvelle réorganisation. Le , Ciel & Espace annonce : "Le CNES enterre les ovnis". Il n'existe plus de service intitulé "SEPRA", mais Velasco reste chargé de mission auprès du directeur adjoint de la DCT et a pour mission la veille sur les phénomènes aérospatiaux rares, déclare Arnaud Benedetti, directeur de la Communication Externe, de l'Education et des Affaires Publiques du CNES Gutierez, Grégory & Benedetti, Arnaud (directeur de la communication du CNES), "C'est officiel : le SEPRA n'existe plus !", Ovniland, jeudi 27 mai 2004.

En est nommé le successeur du SEPRA sous la forme du GEIPAN.

Canuti, Thibaut: "Menace(s) sur le SEPRA ?" Bourdais, Gildas: "From GEPAN to SEPRA - Official UFO studies in France", IUR 4-25, traduit "Du GEPAN au SEPRA - Les études officielles sur les OVNIS en France", UFOCom Nodé-Langlois, Fabrice, "Ovnis : l'État doit y consacrer plus de moyens", Le Figaro, 20 novembre 2002 Haït, Jean-François. "Le CNES enterre les ovnis", Ciel & Espace, juin 2004