L'Acte de Réorganisation de la Défense de cherche à corriger les défauts de redondances entre les différentes armes. Cependant les responsabilité de renseignement du DoD restent floues, la coordination mauvaise, et les produits manquent de fiabilité et de focalisation nationale. Le président Eisenhower convoque alors le Joint Study Group en pour déterminer les meilleurs moyens d'organiser efficacement les activités de renseignement militaire de la nation.

Agissant sur les recommendations du Joint Study Group, le Secrétaire à la Défense Robert S. McNamara notifie le JCS en de sa décision d'établir une Agence de Renseignement de la Défense et le charge de développer un plan de concepts qui intègrerait dans son ensemble les efforts de renseignement militaire de tous les éléments du DoD. Le JCS achève cette tâche en , et publie la directive DoD 5105.21, Defense Intelligence Agency le , rendant la DIA opérationnelle le .

La création de la DIA relégue donc la CIA à sa tâche originelle de synthèse des informations de renseignement, limitant ainsi le risque de ses initiatives dangereuses.

La DIA, qui dépend du Pentagone, devient en fait un service de renseignement supplémentaire à part entière, chaque arme continuant d'avoir son propre service de renseignements.

Le budget de la DIA est de 600 millions $.

À partir de , un des programmes de la DIA est l'AATIP, jusqu'en .