La construction de l'immense bâtiment abritant cet organisme est décidée le pour héberger l'État-major de l'Armée Américaine, dont l'état-major de l'USAF par exemple.
Elle commence un mois plus tard à Washington (D.C.). Il est constitué de 5 anneaux concentriques (de "A" pour le plus interne à "E" pour le plus externe).
Il accueille ses premiers occupants le , et est achevé le . 24000 personnes y travaillent.
Le Pentagone est également le siège du NMCC, qui est reputé avoir effectué des poursuites radar d'ovnis.
Le , le Pentagone est frappé par une attaque sans précédent.