En le CDC note une recrudescence de cas de pneumocystose chez 5 hommes homosexuels à Los Angeles "Pneumocystis Pneumonia - Los Angeles", Morbidity and Mortality Weekly Report (revue du CDC), 1981-06-05. Dans les mois qui suivent, de plus en plus de cas sont recensés dans plusieurs autres villes du pays et il est noté chez plusieurs de ces personnes un état d'immunodépression.

A partir de 1983, "service des mesures actives" de la 1ère direction générale du KGB, avec l'aide de la Stasi est-allemande, mène l'opération Infektion, une campagne de désinformation pour faire croire que le SIDA est une arme biologique développée par le Pentagone Boghardt, Thomas: "Operation Infektion - Soviet Bloc Intelligence and Its AIDS Disinformation Campaign", Studies in Intelligence, vol. 53, n° 4, 2009-12.

Divers conspirationnistes adoptent cette théorie.

Strecker

Parmi eux, Theodore Strecker, un député des USA ayant un frère (Robert) médecin à Angeles, rédige un manifeste Stecker, T.: "This is a Bio-Attack Alert" 1986-03-27 prétendant que des médecins américains traîtres, des bureaucrates de l'ONU et des officiels soviétiques seraient impliqués dans une gigantesque conspiration pour détruire les USA via une arme biologique : Nous avons laissé l'OMS de l'ONU s'allier à des traîtres du NIH américain pour entamer une attaque de l'URSS. Strecker ajoute que la "Guerre contre le cancer" menée par le NIH serait une couverture pour développer le SIDA : les virologues de l'OMS, du NCI et du NIH ont écrit en anglais simple leur plan pour conquérir l'Amérique et sont en train de le mener sous la couverture de la recherche contre le cancer. Ironiquement, Strecker voit bien l'URSS comme étant au cœur de la conspiration : il s'agit d'une tentative de mettre à terre les USA par les voies de la haîne, la lutte, la volonté, la confusion et l'inoculation de maladies. L'ennemi vise à contrôler la population par la maladie, la rendre dépendante via les remèdes qu'il propose, paramétrer chaque naissance, et réduire les USA au rang de serviteur du Soviet Suprême. Strecker envoie son manifeste au président et au vice-président des USA, aux gouverneurs de plusieurs états, ainsi que divers départements du gouvernement américain, les pressant de reprendre les laboratoires de virus, par la force si nécessaire ainsi que de prendre d'autres mesures dramatiques. Bien que d'autres conspirationnistes reprennent l'idée générale, le manifeste n'a pas l'effet galvanisateur qu'espéraient les Strecker.

En 1987, dans le cadre de cette opération, le généticien est-allemand Jakob Segal publie une thèse où il accuse le chercheur Robert Gallo d'avoir créé dans les années 1970s à Fort Detrick, le principal laboratoire du United States Army Medical Research Institute of Infectious Diseases, le SIDA en mélangeant le virus Visna-maëdi et le virus T-lymphotropique humain. En 1987-08, l'opération Infektion est abandonnée sous la pression diplomatique américaine.

Malgré cela, dans les années 1990s, la rumeur court toujours d'un virus mis au point par la CIA dans le but d'exterminer les homosexuels et les afro-américains. En , Yevgeni Primakov (alors directeur du renseignement russe, puis 1er ministre de Russie) avoue que la plupart des documents accusant les USA provenaient bien du KGB Izvestiya, 1992-03-19 < "AIDS as a biological weapon", U.S. Department of State, 2005-01-14.

En 1998, le Dr. Béatrice Hahn et ses collègues redécouvrent des échantillons de tissus et de sang congelés de 4 chimpanzés de laboratoire, dont "Marilyn", morte en 1985, alors que les tests modernes de réactivité au HIV n'existaient pas encore.

Suite à leurs analyses, ils estiment que le SIV existe chez les chimpanzés d'Afrique centrale Pan troglodytes troglodytes depuis plusieurs centaines de milliers d'années. On montre que le HIV-2, moins connu que le HIV-1, mais qui cause aussi le SIDA, est lié à un virus infectant un primate africain, le mangabey. Par la suite, en 1998-1999, des scientifiques déterminent via l'analyse d'un ADN mitochondrique que toutes les souches HIV-1 connues infectant l'homme sont étroitement liées au SIV que l'on trouve chez les chimpanzés d'Afrique centrale. Ils ajoutent que le territoire naturel de ceux-ci coïncide précisément avec les zones d'endémicité de groupe du HIV-1 Hahn, B. H. & al.: "Origin of HIV-1 in the chimpanzee Pan troglodytes troglodytes", Nature, 1999-02-04.

D'autres découvertes s'ensuivent, retrouvant le virus HIV-1 dans l'échantillon de plasma d'un homme adulte Bantu ayant vécu en 1957 dans ce qui sera par la suite Kinshasa, en République Démocratique du Congo "An African HIV-1 sequence from 1959 and implications for the origin of the epidemic", Nature, 1998-02-05. En 2000, des scientifiques de LALN utilisent leurs supercalculateurs pour analyser les relations entre diverses souches du HIV-1. Leurs calculs montrent que le virus HIV-1 principal s'est probablement établi chez l'Homme peut-être via la chasse aux singes pour leur viande, une pratique courante en afrique équatoriale de l'ouest dans les années 1930s "Timing the Ancestor of the HIV-1 Pandemic Strains", Science, 2000-06-08, à l'occasion de la croissance en population et économique de la région de Kinshasa "Origin of HIV Type 1 in Colonial French Equatorial Africa?", AIDS Research and Human Retroviruses, vol. 16, n° 1, 2000, pp. 5-8.