Dès , l'USAF demande au FBI de l'aider à enquêter sur les affaires de soucoupes : le major Edwin M. Kirton, du Renseignement de l'Army Air Force à Fort Worth, leur demande des services tels que la suppression de communiqués de presse et de transmissions au nom de la sécurité nationale. Par exemple, Lydia Sleppy qui travaille en tant qu'opératrice telex pour la radio KSWS à Roswell à l'époque du crash reçoit un appel téléphonique du journaliste Johnny McBoyle dont elle tappe le récit d'un crash d'ovni sur le ranch Foster, racontera comment elle reçut sur la machine un signal d'interruption : cela provenait du FBI de Dallas : Ici le FBI, vous aller cesser de transmettre. Cependant cette collaboration n'était qu'un leurre : l'USAF se servait du FBI et ne leur diffusait que des informations partielles.

Cependant Kirton sous-estime les fédéraux, qui commencent à mener leur enquête de leur côté. Après avoir reçu un telex de Kirton sur la nature de l'objet récupéré à Roswell, la recommandation de l'agent E.G Fitch est d'interrompre les enquête. Cependant, John Edgar Hoover n'est pas d'accord.