Helms naît à Saint David (Pennsylvanie) le .
En , Helms est directeur adjoint des opérations secrètes à la CIA. Ami du Dr Sidney Gottlieb, il instigue le projet MK-Ultra au sein de l'Agence.
En il est nommé directeur de la CIA, jusqu'en . Avant de quitter l'Agence, il ordonne la destruction des archives du programme MK-Ultra.
Helms meurt le chez lui à Washington (D.C.) de myélome multiple (cancer des os).