Halley naît à Haggerston, dans une famille du Derbyshire. Il fait ses études à l'Ecole Saint Paul, où il est déjà brillant.
En il entre au Collège de la Reine à Oxford. En il observe une eclipse de Lune depuis la maison de son père à Winchester Street. Au collège de la Reine, il observe une tâche solaire et , et une occultation de Mars.
Le , 3/4 h après le coucher du soleil, il observe un énorme corps, en apparence aussi
grand que la Lune
. Il l'estime être à 64 km (40 miles) au-dessus de lui. Il dira aussi avoir entendu un bruit
comme le cliquetis d'une grande charrette sur des pierres.
Après avoir estimé la distance qu'il parcourt en
quelques minutes, il en vient à la conclusion qu'il devait se déplacer à une vitesse supérieure à 15500 km/h (9600
miles/h) .
En il est élu Doyen de la Société Royale d'Astronomie. L'année suivante il visite l'Observatoire de Paris puis les principales villes du continent.
En il voit un objet qui illumine le ciel nocturne si brillamment pendant plusieurs heures qu'on pourrait lire comme en plein jour .
C'est à Halley que l'on doit une des premières théories de la Terre creuse, où notre planète contiendrait un Soleil, des constellations, un ciel intérieur et la reproduction "en creux" du monde où nous vivons.
En il a une attaque de paralysie. Il décède et est enterré au cimetière de Lee Church.