En 1951, Spitzer fonde le Project Matterhorn, le programme pionnier de l'Université de Princeton pour la recherche thermonucléaire contrôlée. Il fait les premiers efforts pour la fusion nucléaire en tant que source propre d'énergie.
Dans un rapport à l'American Rocket Society, le physicien de l'Université de Princeton Dr. Russell M. Kulsrud a indiqué que le nouveau domaine de l'"hydromagnétique" (anciennement appelée magnétohydrodynamique) pourrait aider à résoudre le problème de la réentrée de missile s1UFO Investigator, 1: 8, 1958-12. Dans les dispositifs de fusion nucléaire (bombes H par exemple) les champs magnétiques sont utilisés pour maintenir les gaz électrifiés à distance des murs d'un conteneur suffisamment long pour que la réaction nucléaire puisse avoir lieu. Le même principe, dit-il, pourrait être utilisé pour détourner les gaz chaud générés par les appareils plongeant dans l'atmosphère. Le docteur Kulsrud, qui travaille sur le projet Matterhorn de physique des plasmas à Princeton, a également dit que le concept de science-fiction de l'utilisation de "champs de force" pour repousser les objets arrivants devenait une réalité en hydromagnétique.
Spitzer reste directeur du laboratoire jusqu'en 1967 (Spaceflight Now, FL). Par la suite le projet est renommé en Laboratoire de Physique des Plasmas de Princeton.