D'abord nommée "Overcast", c'est en que le traité de l'opération est signé afin de préparer l'après-guerre, mais dans une violation flagrante et précoce des accords de Yalta. Ce traité, conclu par les chefs d'état anglais, américain et russe, est entre aures mené par la section T-2 pour identifier et mettre la main sur les scientifiques et ingénieurs nazis ayant travaillé sur les programmes aéronautiques du Reich, notamment les fusées : l'usine allemande des V-2 de Dora-Mittlebau est placée sous contrôle russe. Pourtant, les services secrets américains décident de faire main basse sur tout ce qui peut être pris dans l'usine.

Le , peu après la nomination de Harry S. Truman comme président des États-Unis suite à la mort de Franklin Roosevelt, Wernher VonBraun et son équipe sont récupérés du site de Dora-Mittlebau par les alliés.

Le , le dernier convoi de camions du colonel Holger Toftoy quitte le site de Dora-Mittlebau, quelques heures à peine avant l'arrivée des troupes soviétiques. Les éléments saisis sont d'abord acheminés à Anvers, puis transportés par bateau jusqu'à la l, pour finir leur transit secret au sein de l'arsenal Redstone (Alabama).

Pour calmer la colère des soviétiques, les américains promettent de rendre ce qu'ils ont pris mais envoient en lieu et place un chargement de pièces de tracteur défectueuses. Si l'immédiate issue de la 2nde guerre mondiale a donné le sentiment d'une relative entente entre russes et américains, cette opération coup de poing est l'un des nombreux incidents qui vont alimenter de manière souterraine le terreau d'une terrible guerre froide.

Au total, près de 2000 nazis sont convertis (à l'aide de méthodes de contrôle programmé de l'esprit selon certains). Parmi eux, VonBraun et ses collègues qui vont être amenés à lancer dans le désert du Nouveau-Mexique des V-2 récupérés par les troupes américaines.

En , convaincu que les scientifiques allemands pourraient aider aux efforts d'après-guerre américains, le président Truman donne son accord pour autoriser le "Projet Paperclip" ("Trombone", intitulé ainsi parce que les dossiers scientifiques étaient attaqués avec à trombone aux dossiers d'immigration de ces scientifiques), un programme pour sélectionner des scientifiques allemands pour travailler pour le compte des États-Unis durant la "guerre froide". Cependant, Truman exclut expressemment toute personne ayant été membre du parti Nazi et plus qu'un participant nominal dans ses activités, ou un supporter actif du nazisme ou du militarisme.

Le département G-2 est responsable de la dissimulation, du secret et de la sécurité de l'opération Paperclip. Il se doit de surveiller l'activité de toute personne pouvant représenter un risque pour le projet.

Le JIOA mène des enquêtes de fond sur les scientifiques à récupérer dans le cadre du projet Paperclip. En , Bosquet Wev, directeur du JIOA soumet pour examen le première groupe de dossiers de de scientifiques aux Département d'État et de la Justice.

Les dossiers sont accablant. Samauel Klaus, le représentant du Département d'État au comité du JIOA, indique que tous les scientifiques du premier lot étaient des "nazis férus". Leurs demandes de visa sont refusées. Wev est furieux au JIOA. Il rédige un memo d'avertissement indiquant que les meilleurs intérêts des États-Unis ont été subjugués aux efforts consacrés à "battre un cheval nazi mort". Il déclare également que le retour de ces scientifiques en Allemagne, où ils pourraient être exploités par les ennemis de l'Amérique, représente une menace de sécurité bien plus grande pour ce pays que tout affiliation à l'ancien nazi qu'ils aient pu être ou même toute sympathies nazies qu'ils aient pu avoir.

Lorsque le JIOA fut formé pour enquêter sur le fond et la forme des dossiers des nazis, le chef du renseignement nazi Reinhard Gehlen rencontre Allen Dulles, directeur de la CIA. Dulles et Gehlen hit it off immediatly. Gehlen était un maître espion pour les nazis et avait infiltré la Russie avec son vaste réseau de renseignement nazi. Dulles promet à Gehlen que son unité de renseignement est protégée au sein de la CIA.

Apparemment, Wev décide de contourner le problème. Dulles fait réécrire les dossiers des scientifiques afin d'éliminer tout élément incriminant. Comme promis, Dulles livre l'unité de renseignement nazie à la CIA, qui débouchera par la suite sur de nombreux projets masquant la prolongation de recherches folles nazies (MK-Ultra/Artichoke, Opération Midnight Climax)

L'équipe de scientifiques allemands à Fort Bliss (Texas) en 1947. En médaillon, Wernher Von Braun (7ème à partir de la droite)
L'équipe de scientifiques allemands à Fort Bliss (Texas) en . En médaillon, Wernher VonBraun (7ème à partir de la droite)

Le Renseignement Militaire "nettoie" les dossiers des références nazies. Un bon exemple de la modification de ces dossiers est le cas de VonBraun. Un rapport du sur le scientifique allemand des fusées indique Le sujet est perçu comme une menace potentielle pour la sécurité par le Gouverneur Militaire. En suivant, une nouvelle évaluation de sécurité de Von Braun indique Aucune information dérogatoire n'est disponible sur le sujet... L'opinion du Gouvernement Militaire est qu'il ne devrait pas constituer de menace pour la sécurité des États-Unis.

L'opération Paperclip aboutit à la naturalisation d'un premier groupe de plus de 50 scientifiques allemands le à Birmingham (Alabama). En , c'est plus de 760 scientifiques allemands qui ont obtenu la citoyenneté américaine et des postes proéminents dans la communauté scientifique américaine. Nombre d'entre eux ont longtemps été membres du parti nazi et de la Gestapo, ont mené des expériences sur des humains dans des camps de concentration, ont exploité le travail d'esclaves, et commis d'autres crimes de guerre.

Dans un exposé de dans le Bulletin des Scientifiques Atomistes, Linda Hunt déclare avoir examiné plus de 130 rapports sur des sujets liés au Projet Paperclip -- et chacun d'entre eux a été modifié pour éliminer classification de menace pour la sécurité. Truman, qui avait explicitement ordonné de ne pas admettre des nazis dans le cadre du Projet Paperclip, n'a apparemment jamais été averti de la violation de cette directive. Les archives du Département d'État et les mémoires d'officiels de l'époque confirment cela. En fait, d'après le livre "Opération Paperclip" de Clare Lasby, les officiels du projet couvrirent leurs plans d'un tel secret qu'ils abusèrent leur propre président; à Potsdam il refuta leurs activités et augmenta indubitablement la suspicion et le manque de confiance envers les Russes, alimentant ainsi probablement encore plus la Guerre Froide.

Le projet est stoppé en , lorsque l'Allemagne de l'Ouest proteste auprès des États-Unis qui la dépouillent de ses compétences scientifiques.

L'opération Paperclip sera déclassifiée en .